Фамилия Зенон — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище и не крестильное имя, а напрямую древнегреческое имя собственное. Зенон — это латинизированная форма греческого имени Зенон, которое восходит к Зевсу (в родительном падеже — Зенос). Имя означало «посвящённый Зевсу» или «божественный». Носителями этого имени были несколько раннехристианских святых, в том числе император Зенон, правивший Византией в V веке.

С точки зрения словообразования фамилия Зенон стоит особняком. У неё нет типичного русского суффикса — ни -ов, ни -ин, ни -ский. Она осталась в «чистом» виде, без фамильного оформления, что характерно для поздних фамилий, которые закрепились за людьми из духовного сословия. В семинарской среде было принято давать фамилии по именам античных философов или святых. Выпускник, получивший фамилию Зенон, мог происходить из семьи, где отца звали Зеноном, но гораздо вероятнее, что её искусственно образовали в духовном училище.

Географически фамилия привязана к юго-западу России и Украине. Встречается в основном среди потомков духовенства, а также в греческих общинах Приазовья и Крыма. В украинских и белорусских говорах имя Зенон иногда записывали как Зиновей, и фамилия могла смешиваться с более распространённой Зиновьев, но по происхождению это разные корни. Зенон — это прямая «книжная» форма, без народной переделки.

Споров вокруг этимологии почти нет: лингвисты единодушны — это греческое имя в латинской транскрипции. Слабая версия, что фамилия могла возникнуть от прозвища «Зенон», данного в честь философа стоика Зенона Китийского, не находит подтверждения в документах — в крестьянской среде такие прозвища не фиксировались. Правдоподобнее всего семинарское происхождение: фамилию давали по святцам, где имя Зенон встречается несколько раз.

Сегодня фамилия Зенон остаётся очень редкой. Её носители — это, как правило, люди, чьи предки в XIX веке служили в церкви или происходили из греческих колоний Новороссии. Фамилия не обросла массой однокоренных вариантов и сохранила прямую связь с античным миром.