Фамилия Зейлингер — одна из тех, что безошибочно указывает на немецкое или еврейское (ашкеназское) происхождение. Её основа — корень «Zeiling» или «Zeil», а суффикс «-er» в немецкой ономастике играет ту же роль, что и русское «-ец» или английское «-er»: обозначает человека по месту жительства, профессии или характерному признаку. В данном случае наиболее вероятное значение — «тот, кто родом из Цайлинга» (Zeil-ing).

Разбираем по частям. Название «Цайлинг» (Zeil) — это топоним, встречающийся в Баварии и Австрии. В средневерхненемецком языке «zeile» означало «ряд домов», «улица», а в некоторых диалектах — «переулок» или «квартал». Таким образом, первый носитель фамилии мог получить её как прозвище от названия улицы или небольшого поселения, где жил. Модель «название места + -er» — классическая для немецких фамилий: ср. Берлинер (из Берлина), Франкфуртер (из Франкфурта). Зейлингер — это, по сути, «цайлингец».

Есть и вторая версия, менее распространённая, но не лишённая оснований. В идише фамилия могла возникнуть от слова «цейл» (цель, мишень) или от названия профессии, связанной с изготовлением или установкой каких-либо указателей, знаков. Однако топонимическое объяснение выглядит убедительнее: оно типично для немецкой модели, а суффикс «-инг» в основе (Zeil-ing) как раз указывает на принадлежность к определённому роду или местности, что характерно для баварско-австрийского ареала.

В Российской империи фамилия Зейлингер фиксировалась преимущественно среди еврейского населения черты оседлости (Волынь, Подолье, Бессарабия), куда она попала вместе с переселенцами из немецкоязычных земель. Встречается и у российских немцев, но реже. Из-за того, что фамилия не русская по форме, она не подверглась типичной русификации (добавлению суффиксов -ов, -ин), и в современных документах сохраняет исходное написание. Это редкий случай, когда фамилия-топоним не обросла дополнительными патронимическими окончаниями, а осталась «чистым» указателем на географическое происхождение предка.