Фамилия Жабенковы (в мужском роде — Жабенков) образована от прозвища или мирского имени Жаба. В основе лежит название земноводного, и такой выбор имени был не случаен. В дохристианской славянской традиции мирские имена, взятые от названий животных, растений или явлений природы, выполняли роль оберега. Считалось, что, назвав ребёнка Жабой, родители «вручали» его природе: она должна была принять младенца как своего и передать ему качества, присущие этому существу. В народных представлениях жаба чаще всего связывалась не с неприятной внешностью, а с плодородием, плодовитостью и обновлением жизни. Поэтому имя Жаба могло быть пожеланием здоровья, долголетия и многочисленного потомства.

Фамилия образована по распространённой восточнославянской модели с суффиксом -енко. Этот суффикс характерен прежде всего для украинской и белорусской ономастики, где он указывал на потомка или человека, происходящего из рода носителя исходного прозвища. Таким образом, Жабенков буквально означает «потомок Жабы» или «сын Жабы». В русских землях фамилии на -енко тоже встречаются, но чаще всего как следствие миграции с юго-западных территорий или как результат длительного соседства. Поэтому можно предполагать, что корни фамилии Жабенковы лежат на Украине или в Белоруссии, откуда она затем распространилась шире.

Однокоренные фамилии известны по историческим источникам. В частности, исследователь С. Б. Веселовский упоминает новгородского строителя Акинфа (Онисифора) Жабина (1345 год) и митрополичьего слугу Никиту Фёдоровича Жабина (1510 год). Это говорит о том, что прозвище Жаба было в ходу уже в XIV–XVI веках, а фамилии от него начали складываться в разных регионах. В отличие от фамилии Жабин, которая образована напрямую с помощью суффикса -ин, форма Жабенков указывает на иную, более позднюю или южную модель наследования. Оба варианта — и Жабин, и Жабенков — имеют общую основу, но различаются по способу словообразования и, вероятно, по географическому происхождению предков.