Фамилия Жабенков образована от мирского имени Жаба. В древнерусской традиции такие имена, данные по названию животного, были распространены: родители верили, что, назвав ребёнка Жабой, они делают его «своим» для природы, и к нему перейдут качества этого существа. В народных представлениях жаба связывалась с плодородием, плодовитостью, обновлением жизни и даже воскресением. Соответственно, имя Жаба давали с пожеланием здоровья и долголетия.

Суффикс -енк- в фамилии Жабенков указывает на её украинское или белорусское происхождение. В этих регионах фамилии на -енко (а в русифицированной форме — на -енков) означали «сын» или «потомок»: Жабенко — сын Жабы, Жабенков — его русифицированный вариант. Такая модель была особенно продуктивна на левобережной Украине и в южнорусских землях, откуда фамилия могла распространиться дальше.

Однокоренные фамилии встречаются в исторических источниках. В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского упомянуты: новгородский строитель Жабин Акинф (Онисифор), 1345 год, и митрополичий слуга Никита Федорович Жабин, 1510 год. Это говорит о том, что основа Жаб- бытовала в разных социальных слоях — от строителей до слуг духовенства. Фамилия Жабенков, с её патронимическим суффиксом, вероятно, возникла несколько позже, когда модель на -енко стала массовой.

В написании фамилии возможны варианты: Жабенков и Жабенко (в украинской среде). Первый закрепился в русском языке как стандартная фамилия с окончанием -ов, второй остался без изменений. Встречаемость фамилии сегодня невысока, но она сохраняет память о древнем имени-обереге и о той эпохе, когда человека могли назвать в честь земноводного, вкладывая в это глубокий символический смысл.