Фамилия Жакупбаев образована от имени Жакупбай, которое, как и большинство восточных имен, состоит из двух частей: Жакуп и Бай. Первая из них представляет собой казахское мужское имя Жакуп (фонетический Жакып), которое является азиатским вариантом древнееврейского имени Якуб со значением «сопровождающий, не отстающий, идущий следом». Второй компонент данного имени «бай» - переводится на русский язык как «богатый хозяин, могущественный человек, господин». Вполне возможно, что имя Жакупбай будущий основатель рода Жакуповых получил в честь пророка Иакова. Кроме того, возможно, что, нарекая ребенка таким именем, родители желали, чтобы их сын в будущем стал настоящим мужчиной. Таким образом, потомок человека, которого звали Жакупбай, со временем получил фамилию Жакупбаев. Так, в Книге памяти Западно-Казахстанской области упоминается сторож Жакупбаев Хаиргали, родившийся в 1885 году в Джангалинском районе.