Фамилия Жакупбаев — типичный пример казахской фамилии, образованной от сложного личного имени. Её основа — мужское имя Жакупбай. Разберём его по составу: первая часть, Жакуп, — это фонетический вариант имени Якуб, которое восходит к древнееврейскому имени пророка Иакова. В арабской и тюркской традициях оно означает «следующий», «идущий по следам», «не отстающий». Вторая часть, «бай», в тюркских языках — социальный маркер, обозначающий «богатый хозяин», «господин», «могущественный человек». Соединившись, эти компоненты дают имя, которое можно истолковать как «богатый, как Жакуп» или «господин Жакуп».

Имя Жакупбай могли дать мальчику в знак уважения к библейскому и кораническому пророку Иакову (в исламе — Якуб). Кроме того, родители могли вкладывать в имя пожелание сыну стать самостоятельным, состоятельным и уважаемым человеком, то есть настоящим «баем».

Фамилия строится по стандартной для региона модели: к основе Жакупбай добавляется русский патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?»). Таким образом, Жакупбаев буквально означает «сын (или потомок) Жакупбая». Со временем это отчество закрепилось как фамилия, переходящая по наследству.

Историческое бытование фамилии подтверждается документами. В Книге памяти Западно-Казахстанской области зафиксирован сторож Жакупбаев Хаиргали, 1885 года рождения, уроженец Джангалинского района. Эта запись — одно из немногих ранних упоминаний, которое связывает фамилию с конкретной местностью и социальным положением её носителя (крестьянство, работа по найму). Западный Казахстан, особенно территории вдоль Урала и Каспия, — вероятный регион, где фамилия начала закрепляться.

Фамилия Жакупбаев встречается реже, чем её «упрощённый» вариант Жакупов, где отсечена вторая часть имени. Наличие полной формы — Жакупбаев — указывает на то, что имя основателя рода было именно двусоставным, и это сохранилось в документах при русификации.