Фамилия Жакипбаева — редкий случай, когда в одной словоформе соединились арабское имя и тюркский социальный термин. Разбирать её удобнее с конца, потому что именно суффикс и второй корень выдают происхождение носителей.

Основа фамилии — мужское имя Жакип. Это казахская и вообще тюркская огласовка арабского имени Якуб (библейский Иаков). В арабо-мусульманской традиции Якуб — пророк, отец Иосифа, имя распространено у всех народов исламского мира. Переход начального «й» в «ж» — типичная фонетическая черта казахского языка: так же образованы Жакия (из Яхья) или Жакуп (из Якуб). Второй корень — «бай», от тюркского «baj» — богатый, господин, хозяин. В дореволюционной казахской степи «бай» означал не просто богача, а главу рода, владельца скота и пастбищ, человека с влиянием. Соединение «Жакипбай» — это двухосновное имя-оберег или имя-пожелание: «богатый, как Якуб», «господин, подобный пророку». Такие составные имена (Ахметбай, Исламбай, Калибек) были типичны для казахов XIX — начала XX века.

Фамилия образована по русской патронимической модели: к имени Жакипбай добавили суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного) и окончание -а, указывающее на женский род. То есть Жакипбаева — это «дочь (или жена) Жакипбая». В мужском варианте фамилия звучала бы как Жакипбаев. Появление таких фамилий у казахов — результат административной русификации конца XIX века, когда при переписях и выдаче документов к традиционным именам добавляли русские суффиксы.

Географически фамилия почти наверняка привязана к южным и западным регионам Казахстана. Имя Жакип (Якуб) чаще встречалось у оседлого и полуоседлого населения Сырдарьинской области, Жетысу, а также среди казахов Младшего жуза, где было сильно влияние Хивы и среднеазиатских ханств. Байское происхождение предка не обязательно означает огромное богатство: в кочевом обществе «баем» могли назвать любого зажиточного скотовода, имевшего несколько десятков лошадей или верблюдов.

Встречается также вариант написания Жакипбаева с буквой «ұ» внутри корня (Жақыпбаева), что точнее передаёт казахскую фонетику. Но в российских паспортах и советских документах закрепилась русифицированная форма через «и», поскольку буква «ұ» в русском алфавите отсутствует. Оба варианта — одна и та же фамилия, и разница только в орфографической адаптации.

Сегодня фамилия остаётся редкой: она почти не встречается за пределами Казахстана и не входит в число распространённых казахских фамилий. Её носительницы — потомки конкретного рода, восходящего к человеку, которого нарекли составным именем с религиозным и социальным смыслом.