Фамилия Жанобаев — редкий пример, в котором органично переплелись тюркские и русские словообразовательные традиции. Её основа восходит к двум корням: «жан» (в переводе с казахского и других тюркских языков — «душа», «любимый», «дорогой») и «оба» (в тюркских языках — «род», «племя», «кочевая община»). Таким образом, «Жаноба» — это составное имя или прозвище, которое можно истолковать как «дорогой род» или «любимое племя». Скорее всего, так называли человека, который был особенно ценен для своей общины, либо это было пожелательное имя, данное ребёнку в надежде, что он станет опорой и гордостью рода.

Фамилию образовали по русской модели: к основе «Жаноба» добавили патронимический суффикс «-ев» (вариант «-ов» после мягкого согласного). Это указывает на то, что предок носителя фамилии носил имя или прозвище Жаноба, а его потомков стали записывать как «Жанобаевы» («сыновья Жанобы»). Формирование таких фамилий шло в основном в XIX — начале XX века, когда оседлые тюркские народы, входившие в состав Российской империи, получали фамилии по имени отца. Географически фамилия наиболее характерна для Казахстана, Киргизии и южных регионов России, где распространены казахские и киргизские родовые имена.

Стоит отметить, что существуют однокоренные варианты: Жанобов (с краткой формой основы) и Жанобаев с ударением на второй слог. Встречается и написание с «а» на конце корня — Жанабаев, что может указывать на диалектные особенности произношения. В отличие от многих фамилий, образованных от арабских или персидских заимствований через ислам, эта фамилия имеет чисто тюркские корни и не связана с религиозными титулами.

Носители фамилии, вероятно, происходят из среды скотоводов-кочевников, где родовые связи ценились превыше всего. Фамилия не получила широкого распространения за пределами Центральной Азии, что делает её сравнительно редкой и легко идентифицируемой по географическому признаку.