Фамилия Жантоан — редкий пример в русском ономастиконе, который почти наверняка имеет не славянское, а западноевропейское происхождение. В её основе лежит личное имя, а именно — производная форма европейского имени Джонатан. Словообразовательная модель здесь проста: фамилия образована напрямую от имени без добавления типичных русских суффиксов (-ов, -ин, -ский), что указывает на позднее заимствование или на то, что носитель фамилии мог быть выходцем из среды, где имя использовалось в оригинальном звучании.

Само имя Джонатан восходит к древнееврейскому Йонатан, что означает «Господь дал» или «дар Божий». В Ветхом Завете это имя носил старший сын царя Саула, прославившийся своей преданной дружбой с будущим царём Давидом. Благодаря библейскому сюжету имя стало популярным в христианской Европе, а затем проникло в Россию, где и дало жизнь фамилии Жантоан.

Интересна и фонетическая адаптация: французское или франкоязычное звучание «Жантоан» (с характерным «ж» и финальным «ан») могло возникнуть при передаче имени через польское или украинское посредничество, либо в среде обрусевших иностранцев. В отличие от фамилий, образованных от прозвищ или профессий, Жантоан — это чистая патронимическая форма, указывающая на имя отца. Встретить такую фамилию можно скорее в западных регионах бывшей Российской империи, где было сильнее влияние католической или протестантской традиции именования.