Фамилия Жаныбаевы образована от мужского имени Жаныбай, которое восходит к мусульманской и шире — тюркской традиции. Разбираем имя по частям: первая основа «жан» (джан) означает «душа», «дух», а также «дорогой, близкий». Вторая часть — «бай» — в тюркских языках обозначала «хозяин», «господин», «богатый и влиятельный человек». В целом имя Жаныбай можно перевести как «дорогой хозяин» или «господин души».

Фамилия Жаныбаевы — патронимическая, то есть указывает на потомка человека по имени Жаныбай. Типичный для тюркских фамилий суффикс -ев (вариант -ов после твердых согласных) присоединили к основе, когда фамилию адаптировали в русской языковой среде. Таким образом, Жаныбаевы — это «дети (потомки) Жаныбая».

Корни фамилии уходят в XV–XVII века, ко временам, когда тюркские народы, в том числе выходцы из Золотой Орды, печенеги и половцы, активно взаимодействовали с русскими землями. В родословных многих русских дворянских родов можно проследить восточное происхождение: нерусские по происхождению люди нередко поступали на русскую службу, получали поместья и со временем вливались в состав дворянства. Фамилия Жаныбаевы — один из таких памятников восточной письменности и культуры, сохранившийся в русской ономастике.

Несмотря на древность, фамилия Жаныбаевы не получила широкого распространения. Встречается она в основном в Казахстане, Кыргызстане и среди тюркоязычных народов России — там, где имя Жаныбай было в ходу. В русских архивных документах она фиксируется редко, что подтверждает её локальный, преимущественно азиатский ареал.