Фамилия Жаугаштин — редкий пример, где основа не славянская, а тюркская, а суффикс — русский. Это сразу указывает на историю: фамилию носили люди, чьи предки говорили на одном из тюркских языков, но жили в русскоязычной среде и получили фамилию по русской модели. Суффикс -ин (а не -ов) говорит о том, что в основе лежит слово, оканчивающееся на согласный, и она образована от прозвища или имени, а не от названия ремесла.

Корень «жаугаш» — скорее всего, искажённое тюркское слово. Самая вероятная версия: от казахского «жау» (враг, неприятель) и «гаш» (бровь) или близкого по звучанию компонента. В казахском языке есть слово «жауқашты» — так называют человека с густыми, сросшимися на переносице бровями. В народе это считалось приметой сурового или воинственного нрава. Прозвище Жаугаш (или Жаукаш) могли дать человеку с такой внешностью, а потом оно закрепилось за его потомками как фамилия.

Менее вероятно, но возможно, что основа восходит к древнетюркскому личному имени. В ономастике встречаются имена с корнем «жау» — «враг», «противник», которые давали мальчикам как оберег или как пожелание силы. Но в таком случае форма «Жаугаштин» — это уже русифицированный вариант, где к основе добавили русский патронимический суффикс.

Географически фамилия Жаугаштин чаще всего встречается на юге Казахстана и в приграничных областях России (Оренбуржье, Астраханская область). Там, где веками жили казахи, башкиры, татары, а позже — русские переселенцы. Такая фамилия могла появиться у казаков или крестьян, которые записывали прозвище соседа-инородца на русский лад.

Важная деталь: в документах XIX — начала XX века фамилию могли писать по-разному: Жаугаштин, Жаукаштин, Жаугаштов. Вариант с -ин закрепился, вероятно, из-за того, что основа воспринималась как слово мужского рода на твёрдый согласный (как «Пушкин» от «Пушка»). Это типичный пример, как тюркская основа «притёрлась» к русской словообразовательной системе.