Фамилия Ждаркина образована от аналогичного прозвища, которое восходит к названию деревни Ждарки района Наход в области Градец-Кралове в Чехии. Сам топоним, вероятно, ведет свое начало от чешского слова zdar, которое в переводе на русский язык означает «успех». Скорее всего, основатель рода Ждаркиных был уроженцем этого села. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Ждаркин, со временем получил фамилию Ждаркин.