Фамилия Ждаркины — редкий пример, когда прозвище, а затем и фамилия, могли быть образованы не от личного имени или профессии, а от названия конкретного места в Чехии. В основе лежит топоним Ждарки — деревня в районе Наход, в области Градец-Кралове. Такая модель типична для так называемых «географических» фамилий: прозвище Ждаркин давали человеку, который был выходцем из этой деревни или имел с ней прочную связь. Со временем прозвище закрепилось за потомками как фамилия.

Сам топоним Ждарки, скорее всего, восходит к чешскому слову «zdar» — «успех», «удача». Это придаёт фамилии неожиданно оптимистичный оттенок: предок носителей фамилии мог ассоциироваться с успешным местом или удачей. Впрочем, возможна и более прозаическая версия: «zdar» в некоторых чешских диалектах также связано с понятием «созидание», «строительство» (от глагола «zdařit» — удаться, получиться). Так или иначе, корень указывает на положительное значение.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Ждаркин», то есть сын или потомок человека по прозвищу Ждарка. Форма множественного числа (Ждаркины) в современном употреблении обычно обозначает весь род в целом.

О точном времени появления фамилии говорить сложно: процесс закрепления прозвищ в качестве фамилий в славянских землях шёл несколько столетий. Однако сама модель — от названия конкретного чешского села — делает фамилию Ждаркины не просто семейным именем, а своеобразным географическим маркером, указывающим на корни в исторической области Богемия.