Фамилия Жданкины, как и многие русские родовые имена, ведет начало от личного имени, которое в старину не было церковным. В основе лежит мирское имя Жданка — так называли долгожданного, желанного ребенка. В крестьянской и посадской среде до XVII века такие имена были обычны: они несли пожелание или отмечали обстоятельства появления младенца на свет. Жданка — уменьшительная форма от Ждан, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Жданкин сын», «Жданкины дети». Со временем фамилия закрепилась за потомками.

Существует и другая версия, хотя она менее убедительна: прозвище Жданка могли дать человеку, которого всегда ждали, — радушному хозяину или общительному, открытому человеку. Однако в ономастике принято считать первичным именно именование по рождению: слишком много фамилий образовано от «желанных» корней (Любим, Милован, Чаян, Неждан), и Жданкины стоят в этом ряду.

Географически фамилия встречается в центральных и северных областях России, что типично для имен на -ин — они преобладали в Новгородской, Вологодской, Архангельской землях, где бытовала традиция называть детей некалендарными именами. В переписных книгах XVI–XVII веков нередки записи крестьян Жданко Иванов, Жданка Ондреев — это как раз те самые «Жданки», от которых пошли Жданкины.

Словообразовательная модель проста и прозрачна: основа Жданк- плюс притяжательный суффикс -ин. Фамилия не содержит редких или утраченных элементов, поэтому ее этимология не вызывает споров среди специалистов. В словаре русских фамилий Б. Унбегауна Жданкин отнесен к группе фамилий от «имен-пожеланий» — таких, как Любимов, Нежданов, Милованов.

Точное время появления фамилии Жданкин не установлено, но процесс ее закрепления пришелся на XV–XVII века, когда у русских людей начала складываться трехчленная система именования: имя — отчество — фамилия. В документах фамилия могла писаться через «о» (Ждонкин) из-за акающего произношения, но такая форма не прижилась.