Фамилия Жданкин относится к группе русских фамилий, образованных от мирского имени. В основе лежит нецерковное имя Жданка, которое в древности давали долгожданному, желанному ребенку. Такие имена выполняли роль оберега или просто отражали радость родителей: ребенок, которого ждали, получал имя Ждан. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Жданкин означает «сын Жданки».

Менее убедительная версия связывает фамилию с прозвищем, которое могли дать радушному хозяину или человеку, которому всегда были рады — «душе компании». Но прозвище в форме Жданка встречается реже, чем имя, поэтому основная версия выглядит правдоподобнее.

Словообразовательная модель проста: корень жд- (от «ждать») плюс суффикс -анк- (уменьшительно-ласкательный) и фамильный суффикс -ин. Такая же структура у фамилий Званкин, Кричанкин, Милованкин, где основа — тоже личное имя с уменьшительным суффиксом.

Географически фамилия Жданкин встречается в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской, Тамбовской и Рязанской областях, где имя Ждан было особенно популярно в XV–XVII веках. В ономастических словарях Б. Унбегауна и В. Никонова фамилия упоминается в ряду других производных от имени Ждан, таких как Жданов, Жданников, Жданчиков.

В отличие от массовой фамилии Жданов, Жданкин сохранила более редкую форму с уменьшительным суффиксом, что указывает на конкретную ветвь рода, где имя Жданка бытовало как домашнее, семейное прозвище.