Фамилия Жданковы (в мужском варианте — Жданков) относится к числу русских фамилий, образованных от мирского, то есть нецерковного, имени. В основе лежит имя Ждан. Так в старину называли долгожданного, желанного сына — ребёнка, которого ждали особенно долго или который родился после трудной беременности или потери предыдущих детей. Имя было распространено на Руси повсеместно, и следы его остались не только в фамилиях, но и в топонимах: существует несколько деревень с названием Жданово или Жданково.

Модель образования фамилии — стандартная для центральной России и Поволжья: к основе Ждан прибавили суффикс -ков. Это вариант суффикса -ов, который появляется после мягких или шипящих согласных (Ждан — Жданк-ов, по аналогии с Иван — Иванков, Фёдор — Федьков). Форма Жданковы указывает на множественное число, характерное для обозначения всей семьи или рода в целом.

Встречается и альтернативная, менее правдоподобная версия: будто бы фамилия произошла от прозвища Ждан, которое давали радушному хозяину или общительному человеку, «душе компании», которому всегда были рады. Но для прозвищ такого рода в русском языке существовали другие модели — например, Жданка или Жданушка как ласкательные обращения, а не самостоятельные именования. Поэтому основная версия с мирским именем выглядит убедительнее и подтверждается данными ономастики: имя Ждан фиксируется в берестяных грамотах и писцовых книгах с XV века.

Фамилия Жданковы не относится к числу аристократических — её носителями были в основном крестьяне и посадские люди. В документах XIX века Жданковы встречаются преимущественно в центральных губерниях: Владимирской, Костромской, Нижегородской, а также в южнорусских областях, куда переселенцы приносили свои родовые имена. Точное место и время возникновения фамилии назвать сложно, поскольку процесс закрепления фамилий шёл несколько столетий, но ясно, что это крепкий памятник славянской бытовой культуры, где личное имя напрямую отражало семейную историю.