Фамилия Жданков напрямую связана с древнерусским нецерковным именем Ждан. Так в семьях называли долгожданного, желанного сына, особенно если до него рождались только девочки или дети умирали в младенчестве. Имя было распространено повсеместно, от крестьян до бояр, и встречается в документах вплоть до XVII века. Суффикс -ов указывает на типичную модель русской фамилии: Жданков буквально значит «сын Жданка» (где Жданко — уменьшительная форма имени Ждан).

Реже основу фамилии связывают не с именем, а с прозвищем. Согласно этой версии, Жданом могли прозвать человека, которому всегда были рады: радушного хозяина, хлебосольного друга или «душу компании». Однако эта гипотеза менее правдоподобна — в русской ономастике прозвища от глагола «ждать» почти не фиксируются, а вот имя Ждан входит в сотню самых частых нецерковных имён Древней Руси, наряду с Нежданом, Найдёном, Первушей.

Особенность фамилии в том, что она сохранила архаичную огласовку. В современном русском языке глагол «ждать» потерял носовой гласный, а имя Ждан и производные от него (Жданов, Жданков, Жданович) как раз и несут в себе древнюю полногласную форму. По данным словаря Б. Унбегауна, фамилии на -ков (Жданков, Нежданов) характерны для северо-восточных земель — Вологодчины, Костромы, Архангельской губернии, где уменьшительные формы на -ко особенно прижились.

Среди однокоренных фамилий — Жданов, Жданкин, Жданчиков. Но Жданков отличается суффиксом -к-, который в древнерусском языке часто добавляли к именам для выражения ласкательности: Жданко — «маленький Ждан», а затем и «потомок Жданка». Так что предок носителя фамилии, скорее всего, был сыном человека по имени Жданко, которого в семье ласково называли именно так, а не полным именем.