Фамилия Ждаркин — одна из тех, чьё происхождение уводит нас не в русскую деревню, а в Чехию. В основе фамилии лежит прозвище Ждарка, которое, скорее всего, указывало на выходца из конкретного места. Речь идёт о деревне Ждарки (чеш. Žďárky), которая находится в районе Наход, в исторической области Градец-Кралове. Первый носитель фамилии, вероятно, был уроженцем этого села, а его потомки, перебравшись в Россию, закрепили за собой прозвище по месту прежнего жительства.

Сам топоним Ждарки имеет прозрачную этимологию. Он восходит к чешскому слову zdar, что значит «успех» или «удача». В более широком смысле это слово связано с глаголом zdařit se — «удаться», «получиться». Таким образом, название деревни можно перевести как «место, где всё удаётся» или «успешное поселение». Фамилия Ждаркин, образованная по русской модели с помощью суффикса -ин, буквально означает «потомок того, кто из Ждарок».

Модель образования здесь классическая для русских фамилий, но корень — редкий, западнославянский. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Ждаркин, то есть человек из семьи Ждарки. Само прозвище Ждарка — это, скорее всего, не имя, а прозвание по географическому признаку. Встречается также вариант фамилии Ждаркин с ударением на первый слог, что характерно для фамилий, образованных от чешских топонимов.

Сравните с однокоренными фамилиями, которые могли возникнуть по той же модели, но от разных славянских корней: например, Жданов (от русского «ждать»). Здесь же другой корень — zdar, что сразу выдаёт западнославянское происхождение. В Чехии и сегодня существует фамилия Ждарка (Žďárka), а также топонимы типа Ждяр-над-Сазавоу. Так что фамилия Ждаркин — редкий, но яркий пример того, как географическое название, переосмысленное как прозвище, закрепилось в русской ономастике.