Фамилия Жебенёв образована от прозвища Жебень, и у этого прозвища есть два основных объяснения. Первое и наиболее вероятное ведёт к славянскому корню «жеб-». В курских говорах сохранилось слово «жебтаться» — роптать, пенять, плакаться. Украинское «жебонити» означает бормотать, говорить невнятно. Если прозвище пошло от этого корня, оно описывало человека сварливого, вечно недовольного или, наоборот, неразборчивого в речи, бубнящего себе под нос. Такая характеристика легко привязывалась к конкретному человеку и закреплялась за ним в быту.

Вторая версия отсылает к твёрдым и псковским говорам, где словом «жбень» называли толстую ржаную лепёшку. В этом случае прозвище мог получить человек, имевший отношение к выпечке — например, пекарь или повар. Такие «профессиональные» прозвища были распространены не меньше, чем прозвища по характеру.

Суффикс «-ев» в фамилии Жебенёв указывает на принадлежность: «чей?» — сын или потомок Жебеня. Форма на «-ёв» (а не «-ев») возникла из-за ударения в прозвище: если исходное слово оканчивалось на мягкий согласный и ударение падало на последний слог, то в фамилии появлялось «ё». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ с основой на мягкий согласный.

Сравните с однокоренными фамилиями Жебин, Жебровский, Жебан — все они восходят к тому же корню, но каждая имеет свою словообразовательную историю. Жебенёв, в отличие от них, сохранил исходную основу с суффиксом «-ень», что делает фамилию более архаичной по форме.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским и южнорусским областям — именно там зафиксированы говоры, в которых бытовали слова «жебтаться» и «жбень». В центральных и северных регионах фамилия встречается реже, что косвенно подтверждает её диалектное происхождение.