Фамилия Желубаев — яркий пример того, как прозвище, данное человеку по внешности или поведению, закрепилось в роду. Её основа — слово «желуба» или «жалуба». В южнорусских и украинских говорах так называли плаксу, нытика, человека, который постоянно жалуется на жизнь. Корень тот же, что и в слове «жалеть», «жалоба». Соответственно, родоначальник Желубаевых получил своё прозвище не за силу или ремесло, а за особенность характера — склонность к сетованиям. Прямых параллелей с желудём здесь нет: несмотря на внешнее сходство, слово «жёлудь» имеет другую этимологию и никогда не давало прозвищ с суффиксом -уб-.

Словообразовательная модель фамилии — классическая для русского востока и юга. Суффикс -аев (-ев) указывает на принадлежность: «чей?» — Желубаев, то есть сын или потомок Желубы. Такая форма характерна для фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на согласный или -а. Если бы прозвище звучало как Желубый, фамилия была бы Желубов, но здесь исходная форма — Желуба.

Встречаемость фамилии невысокая, что говорит о её локальном происхождении. Основной ареал — Оренбургская область, Башкортостан, отчасти Казахстан. Это зона, где смешивались русские, тюркские и финно-угорские элементы, но сама фамилия — чисто славянская по корню. В документах XIX — начала XX века Желубаевы фиксируются среди государственных крестьян и казаков. Никакого дворянского или боярского следа у этой фамилии нет — она из крестьянской и казачьей среды, где прозвища давали метко и без лести.

Единственная альтернативная версия — связь с диалектным «желубать» (есть, хлебать, иногда — чавкать). В этом случае прозвище могло относиться к человеку с неаккуратной манерой еды. Но версия с «жалобой» более распространена в ономастике и подтверждается наличием однокоренных фамилий Жалобин, Жалобов, где корень тот же, но с другим вокализмом. Желубаев — это, по сути, фонетический вариант от той же основы, изменившийся под влиянием акающих говоров.