Фамилия Женеков — редкий случай, когда основа, на первый взгляд, звучит как уменьшительное имя, но на деле, скорее всего, восходит к тюркскому прозвищу. Если отбросить типичный русский суффикс принадлежности -ов (чей? — сын Женека), то в корне остаётся «Женек». Самое простое объяснение — это форма имени Евгений: в народной речи «Женя» легко превращалось в «Женёк», а оттуда — в фамилию. Однако у этой версии есть слабое место: в русской ономастике фамилии от уменьшительных форм имён (вроде Женин, Женьков) встречаются, но форма Женеков нетипична для центральных областей.

Куда более убедительна тюркская версия. В казахском, башкирском и татарском языках слово «женек» (жәнек) означает «победитель», «побеждающий» или происходит от глагола со значением «одолевать». Прозвище Женек давали воину, удачливому в бою, или просто упрямому, настойчивому человеку. При переходе в русский обиход фамилия получила стандартное окончание -ов, и в документах появился Женеков. В пользу этой гипотезы говорит и география: носители фамилии Женеков исторически сосредоточены на Южном Урале и в Западной Сибири — в регионах активного смешения русского и тюркского населения (Челябинская, Оренбургская, Курганская области).

Суффикс -ек в основе — типичный тюркский аффикс, придающий слову ласкательный или уменьшительный оттенок, но в данном случае он не делает прозвище «маленьким», а скорее закрепляет его как личное имя. Встречается и вариант написания Жеников, но он ещё более редок и путается с фамилиями от имени Женя. Сословного барьера у Женековых не было: фамилия могла принадлежать как крестьянину-старожилу, так и отставному казаку. Единственное, что объединяет всех носителей, — это географическая привязка к зоне русско-тюркского пограничья, где такие прозвища возникали естественно и быстро закреплялись в метриках.