Фамилия Жилоковы происходит от личного прозвища Жилок. Слово «жила» в русском языке имело несколько значений, и каждое из них могло лечь в основу прозвища. Первое — «подземное родниковое русло с протекающей по нему водой», то есть нечто прочное и постоянное. Второе — «скупой, жадный человек». Однако в старину у слова был и третий, особый смысл: жилками называли уездных дворян, которые находились на воинской службе и временно проживали при царском дворе. Прозвище Жилок могло указывать как на характер или физическую выносливость (сильный, крепкий человек), так и на социальное положение — принадлежность к служилому сословию.

Суффикс -ов в фамилии указывает на типичную русскую патронимическую модель: Жилоков — это «сын Жилка» или потомок человека с таким прозвищем. Форма Жилок (а не Жила) говорит о том, что прозвище было образовано с уменьшительным или обиходным суффиксом -ок, что характерно для народной речи. Встречаются и однокоренные фамилии — Жилин, Жилкин, Жилов, — но Жилоков выделяется именно этим суффиксом.

Точное время и место возникновения фамилии установить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий. Однако можно предположить, что носители фамилии Жилоковы происходят из центральных или северных областей России, где слово «жила» в значении «родник» было особенно распространено. Если в основе лежит именно это значение, то прозвище мог получить человек, живший у родника или владевший землей с ключами. Если же верна версия о служилых людях, то предки Жилоковых могли быть детьми боярскими или дворянами, несшими «жилецкую» службу при московском дворе.