Фамилия Жимолохин происходит от прозвища Жимолоха, которое, в свою очередь, восходит к диалектному слову «жимолох» — так в некоторых русских говорах называли кустарник жимолость. Связь с растением — главная версия, и она прорастает сразу несколькими возможными занятиями предка.

В народной традиции давать прозвища по растениям было распространено. Родители могли назвать ребёнка Жимолохой, желая, чтобы природа приняла его как своего и передала полезные свойства кустарника. Но практичнее выглядит другая цепочка: прозвище чаще закреплялось за взрослым человеком по роду его деятельности. Жимолость в народной медицине ценилась — отвар из неё применяли как противовоспалительное, вяжущее и мочегонное средство, свежие плоды рекомендовали при гипертонии, малокровии и расстройствах желудка, а отвар коры — при водянке. Поэтому Жимолохой могли прозвать знахаря или лекаря, который лечил этими средствами. Альтернативная, но не менее вероятная версия — сборщик и продавец ягод жимолости, которые широко использовались в кулинарии. Наконец, прозвище могло достаться человеку, чей дом стоял рядом с зарослями этого кустарника — чисто топографическая примета.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — «Жимолохин», то есть сын или потомок Жимолохи. Модель образования типична для русских фамилий, особенно в северных и центральных регионах, где прозвища на -а/-я были распространены. Фамилия редкая, и её географическая привязка неочевидна — в общероссийских словарях она не фигурирует, что говорит о локальном бытовании, вероятно, в одной из областей, где диалектное «жимолох» было в ходу. В отличие от более частых «растительных» фамилий вроде Калинин или Малинин, Жимолохин сохранила нестандартную основу, что делает её своеобразным диалектным маркером.