Фамилия Жимолохин — редкий пример того, как в основе фамилии оказалось не имя и не профессия в чистом виде, а народное название растения. В русских говорах «жимолох» — это и есть жимолость, кустарник с синими съедобными ягодами. От этого слова образовали прозвище Жимолоха, а от него — стандартным для русской фамилии суффиксом -ин — фамилию Жимолохин.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Жимолохин буквально значит «сын Жимолохи» или «из семьи Жимолохи». Такая модель типична для фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на -а или -я: сравните Гаврилин, Косолапов, Шишкин. В этом смысле фамилия Жимолохин укладывается в самый распространённый тип русских фамилий, но её основа делает её необычной.

Почему человека могли прозвать Жимолохой? Точных записей не сохранилось, но логика прозвищ подсказывает несколько версий. Самая прямая: прозвище дали по месту — человек жил рядом с зарослями жимолости, и соседи закрепили за ним эту примету. Вторая: прозвище получил сборщик или продавец ягод жимолости. В народной медицине отвар из коры и веток жимолости применяли как мочегонное и противовоспалительное средство, а ягоды рекомендовали при гипертонии и малокровии. Поэтому третья версия — лекарь или знахарь, который лечил отварами жимолости. Все три версии правдоподобны, но первая (по месту) встречается в русских прозвищах чаще всего.

Фамилия Жимолохин — штучная. Она не вошла ни в словарь Б. Унбегауна, ни в работы В. Никонова по массовым фамилиям. Это значит, что она либо локальная (бытовала в одной-двух губерниях), либо поздняя по происхождению. В любом случае, она сохранила в себе народное название растения, которое в литературном языке вытеснила форма «жимолость».