Фамилия Жижкун — редкий пример прозвища, перешедшего в фамилию без суффиксальной приставки, характерной для русской модели (-ов, -ев, -ин). Её основа — прозвище Жижкун, которое образовано с помощью активного суффикса -ун, типичного для русских и украинских прозвищ, обозначающих человека по действию или свойству (говорун, ворчун, молчун). В данном случае суффикс указывает на постоянный признак: носителя прозвища характеризовали по его связи с чем-то или по поведению.

Значение прозвища спорно, и лингвисты предлагают два основных объяснения. Первое отсылает к русскому слову «жижа», то есть «жидкая грязь». Человек по прозвищу Жижкун мог жить в низине, на болотистой почве, либо постоянно пачкаться, работать с грязью — например, в болотных промыслах или на гончарном деле. Вторая гипотеза связывает фамилию с украинским «жижки» — «поджилки» (сухожилия под коленом). В этом случае Жижкуном могли прозвать боязливого, трусоватого человека, у которого, по народному выражению, «поджилки трясутся». Обе версии равноправны, но первая (топографическая, по месту жительства) встречается в ономастике чаще для прозвищ с суффиксом -ун.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским и украинским землям, где суффикс -ун особенно продуктивен. Встречается она в основном на юго-западе России и в восточных областях Украины. В исторических документах фамилия не зафиксирована в боярских или дворянских списках — скорее всего, Жижкуны происходили из крестьянской или мещанской среды. Сословная принадлежность не прослеживается, но само прозвище указывает на бытовую, неформальную среду возникновения.

Известных носителей с этой фамилией в открытых источниках нет, что делает её типичным примером фамилии, сохранившейся в локальных родах без выхода на общероссийскую историческую сцену.