Фамилия Жижкин — один из тех случаев, когда внешне простая основа скрывает сразу несколько возможных корней, и разобраться в них интереснее, чем кажется. Самое очевидное, что приходит на ум — связь со словом «жижа» (жидкая грязь, месиво). Однако в русских фамилиях на -ин редко напрямую используют нарицательное существительное в его прямом значении. Чаще за основу берётся прозвище: Жижка могли назвать неряшливого человека, того, кто постоянно возится в грязи, или, наоборот, работника, чья профессия связана с жидкими, вязкими субстанциями — например, красильщика, кожевника или пивовара. В некоторых говорах «жижка» означала гущу, осадок, что тоже указывает на ремесленный контекст.

Но есть и другая, более редкая версия, которую стоит рассмотреть. В старых русских документах встречается некалендарное имя или прозвище Жижка, которое могло быть уменьшительной формой от имени Жидан (Ждан) — то есть «тот, кого ждали». Фонетически переход «ждан» в «жиж» возможен в диалектах: через формы «жиданый», «жидай». В таком случае фамилия Жижкин означает не «грязный», а «долгожданный ребёнок». Эта гипотеза менее популярна, но лингвистически не слабее «грязевой», особенно если учесть, что суффикс -ин в фамилиях чаще присоединяется к личным именам, чем к прозвищам от предметов.

С точки зрения географии, фамилия Жижкин — не редкая, но и не массовая. Она встречается в центральных областях России, а также на севере — в Архангельской и Вологодской губерниях, где слово «жижка» в значении «гуща» или «болотистая топь» было в ходу. В южнорусских говорах этот корень встречается реже, что косвенно указывает на северное или центральное происхождение рода.

Словообразовательная модель проста: основа Жижк- (от Жижка) плюс типичный притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Буквально «чей?» — «Жижкин», то есть сын или потомок человека по прозвищу Жижка. Двойная «ж» в корне — результат слияния: исходное «жиж-ка» дало «жижка», а фамилия сохранила двойную букву, что для русского письма нехарактерно, но встречается в фамилиях, образованных от слов с корнем на -ж (ср. Дорожкин, Рыжкин).

Таким образом, носитель фамилии Жижкин с высокой вероятностью происходит от предка, которого либо дразнили за неаккуратность или работу с «жижей», либо, что менее очевидно, звали Жижкой как сокращением от Ждана. Выбрать одну версию без дополнительных генеалогических данных невозможно, но обе они имеют под собой реальную почву.