Фамилия Жижкеева — женская форма, а мужская, Жижкеев, встречается гораздо чаще. С первого взгляда бросается в глаза редкий суффикс -еев. В русских фамилиях он встречается реже, чем стандартные -ов и -ин. Обычно -еев указывает на основу, оканчивающуюся на -ей или -ея. В данном случае основа, скорее всего, «Жижкей» — прозвище или имя, от которого через притяжательное прилагательное («чей?» — Жижкеев) и образовалась фамилия.

Корень «жиж-» отсылает к слову «жижа» или «жидкий». В старину «жижей» называли не только грязь и болотную кашу, но и навозную жижу, а также жидкое тесто. Прозвище Жижкей могли дать человеку неопрятному, вечно выпачканному в грязи, или, наоборот, тому, кто работал с чем-то жидким и вязким — например, кожевнику, который мочил кожи в чанах с известковым раствором, или пивовару, постоянно возившемуся с суслом. Вторая, менее очевидная версия: «жижкой» в некоторых говорах называли жидкую кашу или похлёбку, так что прозвище могло закрепиться за любителем такой еды или за тем, кто её варил.

Географически фамилия тяготеет к южным и центральным регионам России, а также к Поволжью. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении — от прозвища, бытовавшего в одной или нескольких соседних деревнях. Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами: в дворянских родословных книгах Жижкеевы не значатся.

Любопытно, что фамилия могла возникнуть и из искажённого тюркского имени или прозвища, где «жиж» означало бы «блеск» или «сияние» (от тюркского «йиз»), но эта версия маловероятна: звуковой переход «й» в «ж» для русской среды нетипичен, а суффикс -еев твёрдо указывает на славянскую словообразовательную модель. Поэтому версия с «жидким» корнем остаётся основной.