Фамилия Жмогина — женская форма фамилии Жмогин, и её происхождение напрямую связано с мужским вариантом. В основе фамилии лежит прозвище Жмога, которое в русских говорах имело конкретное значение. В словаре Владимира Даля «жмога» — это скряга, скупой человек, тот, кто «жмётся» при расходах. Прозвище давали либо прижимистому хозяину, либо человеку, который постоянно жаловался на нехватку средств. Другая версия, менее распространённая, связывает основу с глаголом «жать» в прямом смысле — например, с человеком, который занимался отжимом чего-либо (масла, сока, ткани). Но первое значение, как характерологическая черта, встречается в ономастике чаще.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Жмогин означало «сын Жмоги» или «человек из семьи Жмоги». Такая модель типична для фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а/-я. Фамилия относится к числу «бытовых» — то есть возникла не из церковного имени, а из повседневного прозвища, которое закрепилось за родом.

Географически фамилия Жмогин (и Жмогина) тяготеет к северо-западным и центральным регионам России. Встречается в Псковской, Новгородской, Тверской областях, а также в Беларуси. В писцовых книгах XVI–XVII веков можно найти упоминания крестьян с прозвищем Жмога — это была не фамилия в современном смысле, а уличное имя, которое потом перешло в наследственное.

Сословно носители фамилии в основном были крестьянами или посадскими людьми. Дворянских родов с такой фамилией в российских родословных книгах не зафиксировано — это фамилия простого люда, что типично для прозвищ, описывающих характер или поведение.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Жмурин, Жмакин, Жмилёв — показывает, что все они образованы от разных диалектных форм одного корня. Жмогин стоит особняком из-за суффикса -ог-, который встречается реже, чем -ур- или -ак-. Это делает фамилию менее частотной, но более узнаваемой в своей местности.