Фамилия Жныкин — редкий пример отчества, образованного не от имени или профессии, а от прозвища, связанного с конкретным действием или орудием труда. В её основе лежит слово «жнык» — диалектный вариант глагола «жнуть» (жать, срезать серпом). На юге России и в украинских говорах «жнык» могло означать либо сам процесс жатвы, либо, что вероятнее, короткий нож или серп для резки хвороста и камыша. Человек, носивший прозвище Жнык, скорее всего, был жнецом, либо мастером по изготовлению таких инструментов.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Жныкин — «сын Жныка». Модель образования типична для «семейных прозвищ» второй половины XVII века, когда фамилии на -ин активно закреплялись в среде крестьян и однодворцев. В отличие от фамилий на -ов, которые образовывались от названий профессий (Кузнецов), -ин чаще прикреплялся к личным прозвищам или именам с окончанием на -а/-я (Жныка).

География фамилии узкая. По данным современных исследований, основное гнездо Жныкиных — Курская и Белгородская области, а также приграничные районы Украины (Сумщина). Это объяснимо: именно в этих регионах бытовал южнорусский диалектный «жнык». В центральных и северных губерниях фамилия почти не встречалась.

Спорных версий происхождения немного. Иногда Жныкина пытаются связать с тюркским корнем «жны» (кожа) — но это натяжка: фамилия не имеет следов тюркского влияния в суффиксе или ареале. Также встречается ошибочное отождествление с «жнивьё» (поле после жатвы) — но «жнык» и «жниво» разные слова с разными суффиксами.

Единственная лингвистическая особенность, которая выделяет эту фамилию среди тысяч других на -ин: она сохранила редкую диалектную фонетику. В литературном русском «жнец» дал бы фамилию Жнецов, а «жнык» — это живое свидетельство того, как говорили в конкретной местности. Носитель фамилии Жныкин может с большой вероятностью проследить свои корни до южнорусских крестьян-однодворцев, занимавшихся земледелием или ремеслом, связанным с резкой растительных материалов.