Фамилия Жоганова — женская форма фамилии Жоганов, и её разговорный вариант, Жоганова, почти вытеснил исходную форму в быту. Основа здесь — прозвище или нецерковное имя Жоган. В русской ономастике корень «жог-» связан с глаголом «жечь». Жоганом могли прозвать человека с буйным, «жгучим» нравом — вспыльчивого, задиристого, того, кто «жжёт» словом или делом. Но есть и другая, более бытовая версия: так называли работника, занятого выжиганием угля или обжигом извести. В лесных районах России, особенно на севере и Урале, углежоги были отдельным промыслом, и прозвище Жоган могло закрепиться за целой династией таких мастеров.

Суффикс -ан- в основе типичен для русских прозвищ (ср. Рвач, Долган, Шустрян) и придаёт слову оттенок просторечия, энергичности. Фамилия образована по стандартной патронимической модели: Жоган → сын Жогана → Жоганов. Окончание -а в женской форме указывает на принадлежность к роду, но в современном употреблении это уже фамилия, а не отчество.

Географически фамилия редкая. Основной массив носителей фиксируется в Поволжье и на Южном Урале — в Оренбургской, Самарской, Челябинской областях. Это косвенно подтверждает связь с углежжением: в XVIII–XIX веках на Урале активно развивалась металлургия, требовавшая древесного угля, и целые деревни занимались его выжигом. Встречается также вариант написания Жаганова, но он может быть связан с другим корнем — от тюркского «жаган» (слон) или казахского «жаған» (воротник), что маловероятно для русской фамилии.

В дореволюционных источниках фамилия не фигурирует среди дворянских родов — она крестьянская или мещанская. Никаких выдающихся исторических личностей с такой фамилией не известно. Однако для носителей это ценная привязка к конкретному ремеслу или характеру предка: либо к человеку горячему, «жгучему», либо к труженику, чья работа была связана с огнём.