Фамилия Жоганов образована от прозвища или нецерковного имени Жоган. В её основе лежит корень «жог-», который в русских говорах имел несколько значений. Наиболее вероятное — «жгучий», «горячий», «обжигающий». Прозвище Жоган могли дать человеку с крутым, вспыльчивым нравом, который «жёг» окружающих своим характером, или же тому, кто работал с огнём: кузнецу, стеклодуву, обжигальщику угля. В некоторых диалектах «жоган» — это и сам ожог, и едкое, острое на язык слово, так что прозвище могло закрепиться и за язвительным, колким человеком.

Словообразовательная модель проста: к основе «Жоган» добавили патронимический суффикс -ов. Фамилии на -ов — самый массовый тип русских фамилий, они указывали на принадлежность: «сын Жогана». Ударение в фамилии падает на первый слог: Жо́ганов, что характерно для корня с исконным «о» под ударением.

Встречается вариант написания через «е» — Жеганов, но он связан с другим глагольным корнем («жечь» → «жёг» → «жог»). В тверских и псковских говорах, где было распространено «оканье», форма Жоганов закрепилась как основная. Географически фамилия чаще встречается в центральных и северных областях России, в частности в Костромской и Вологодской губерниях, где кузнечное и угольное ремёсла были развиты исторически.

Среди родственных фамилий — Жогов, Жоголев, Жегалов. Все они восходят к тому же смысловому гнезду, но различаются суффиксами: -ов, -лев, -ов. Фамилия Жоганов — одна из немногих, где основа не усечена и не переоформлена, что делает её прозрачной для этимологического разбора.