Фамилия Жондарев — редкая и неочевидная с первого взгляда. Её основа, корень «жонд-», не встречается в современных русских нарицательных словах, поэтому понять происхождение можно только через исторические диалекты и искажения.

Скорее всего, Жондарев — это фонетический вариант фамилии Жандаров или Жондаров. В русских говорах, особенно южных и западных, звук «а» после мягких шипящих часто переходил в «о»: «жанд-ар» произносили как «жонд-ар». Основа «жандар» восходит к турецкому или татарскому слову «жандар» (januar) — «палач», «каратель». В тюркских языках это слово попало из персидского, где означало «обладающий душой» или «стражник». В русской среде прозвище Жандар (или Жондар) могли дать человеку сурового нрава, либо тому, кто служил в полицейских или сторожевых структурах — отсюда и связь с «жандармом», хотя прямое заимствование из французского маловероятно.

Другая версия, менее экзотическая, но более прозаичная: фамилия могла образоваться от личного имени Жондя — уменьшительной формы от Евдоким или Ждан. Суффикс «-я» в русских именах давал такие формы, как Жондя, Жонька. Тогда Жондарев — «сын Жонди». Однако эта гипотеза слабее, потому что имя Жондя не фиксируется в известных святцах или переписях, а вот тюркский след для фамилий на -ев в южнорусских и казачьих областях — обычное дело.

Географически Жондаревы встречаются в основном в Ростовской области, Краснодарском крае и на Украине — то есть в зоне активных контактов с тюркским и казачьим населением. Суффикс -ев вместо -ов указывает на мягкость конечного согласного основы (Жондарь → Жондарев), что подтверждает первоначальную форму прозвища с мягким «рь».

Таким образом, предок современных Жондаревых, скорее всего, носил прозвище Жондарь — либо по профессии (стражник, палач), либо по характеру. Фамилия не дворянская, а крестьянская или казачья, что типично для прозвищ, закрепившихся в XVI–XVII веках.