Фамилия Жубоевы — это не самостоятельное образование, а фонетический вариант более распространенной фамилии Жубаев. Разница в написании (О вместо А) возникла из-за особенностей произношения в некоторых говорах: безударный звук после Ж могли передавать на письме по-разному. Поэтому, говоря о происхождении Жубоевых, мы фактически разбираем историю их предков-Жубаевых.

В основе фамилии лежит мужское тюркское имя Жубай. Это имя составное и сложено из двух древнетюркских корней. Первый корень — «джу» или «жу» — переводится как «заражать», «приставать» (имеется в виду болезнь). Второй корень — «бай» — означает «богатый», «могущественный хозяин», «господин». Буквальное значение имени Жубай получается неожиданным: «зараженный болезнью господин».

Такое значение не должно смущать. Перед нами типичное охранительное имя, которое было широко распространено у многих народов. Существовал обычай давать ребенку имя с «плохим» значением, чтобы обмануть злых духов: считалось, что они не позарятся на того, кого назвали «больным» или «несчастным». Родители, надеясь вырастить здорового мальчика, нарекали его Жубаем, и эта защитная магия должна была отвести от него настоящие болезни и беды.

Потомок человека по имени Жубай получал фамилию Жубаев (отсюда — Жубоев) по стандартной для русского языка модели: основа имени + суффикс -ев (после мягкого согласного или Й). Эта модель типична для многих фамилий тюркского происхождения, которые оформлялись уже на русской почве. Безусловно, фамилия Жубоев представляет собой замечательный памятник кавказской культуры, отражающий древние верования и языковые процессы, происходившие при взаимодействии тюркских и славянских традиций.