Фамилия Жубоева — это фонетический вариант более распространённой фамилии Жубаев. Разница в написании (О вместо А) возникла из-за особенностей произношения в некоторых говорах: безударный звук после Ж мог звучать как нечто среднее между А и О, что и закрепилось на письме.

Основа обеих фамилий — мужское тюркское имя Жубай. Это имя составное и необычное по смыслу. Первая часть восходит к древнетюркскому глаголу «джу» («жу») — «заражать», «приставать» (о болезни). Вторая часть — «бай», то есть «богатый, могущественный хозяин, господин». Буквально имя Жубай переводится как «зараженный болезнью господин».

Перед нами так называемое охранительное имя. У многих тюркских народов существовал обычай давать ребёнку имя с негативным или отпугивающим значением. Считалось, что злые духи не позарятся на «плохого» или «больного» младенца и оставят его в покое. Родители, надеясь вырастить здорового сына, нарекали его Жубаем, чтобы обмануть нечистую силу и отвести от него настоящие хвори.

Таким образом, фамилия Жубоева (и Жубаев) по своему происхождению — отчество: «сын Жубая». Со временем именование по отцу закрепилось и перешло в разряд наследственных фамилий. Точно определить, когда именно и в какой местности это произошло, можно только в ходе глубоких генеалогических изысканий, но ясно, что корни рода уходят в тюркоязычную среду, где был распространён обычай охранительных имён.