Фамилия Жубоев — это фонетический вариант более распространённой фамилии Жубаев, и её происхождение напрямую связано с тюркским именем Жубай. Если смотреть на словообразовательную модель, то суффикс -ев указывает на принадлежность: потомок человека по имени Жубай. Но ключевой интерес здесь — в значении самого имени, которое было не просто именем, а оберегом.

Имя Жубай составное. Первая часть восходит к древнетюркскому глаголу «джу» или «жу» — «заражать», «приставать» (о болезни). Вторая часть — «бай», означающая «богатый, могущественный хозяин, господин, повелитель». Получается парадоксальное на первый взгляд сочетание: «заражённый болезнью господин». Это не проклятие, а распространённый у тюркских народов охранительный обычай. Чтобы злые духи не позарились на здорового и крепкого ребёнка, ему давали имя с «плохим» значением. Считалось, что такая «обманка» отведёт от мальчика болезни и сглаз. Родители, называя сына Жубаем, надеялись, что он вырастет здоровым вопреки имени.

Таким образом, фамилия Жубоев, как и её исходная форма Жубаев, происходит от прозвищного имени-оберега. Со временем, когда имя закрепилось за родом, появился и патроним на -ев. Переход «а» в «о» (Жубаев → Жубоев) — типичное явление для русской адаптации тюркских фамилий, связанное с особенностями произношения или письменной фиксации в документах.