Фамилия Жубаев — классический пример тюркской фамилии, образованной по патронимической модели: к личному имени Жубай добавили русский патронимический суффикс -ев, который закрепился в документах после присоединения тюркских регионов к Российской империи. Корень здесь — мужское имя Жубай, которое имеет сложную и неочевидную семантику.

Имя Жубай — составное, из двух древнетюркских основ. Первая часть, «жу» (или «джу»), восходит к глаголу со значением «заражать», «приставать» (о болезни). Вторая часть — «бай», повсеместно распространённый тюркский титул, означающий «богатый», «господин», «могущественный хозяин». Буквальное сращение даёт значение «заражённый болезнью господин». Звучит мрачно, но за этим стоит распространённый в прошлом обычай — давать детям охранительные имена.

Смысл такого имени — обман злых духов. Родители, желая уберечь ребёнка от болезней и сглаза, нарекали его именем с негативным оттенком, чтобы не привлекать внимание потусторонних сил. Надеясь вырастить здорового мальчика, они называли его Жубаем — то есть как бы «уже больным», и тем самым отводили беду. Способ не уникален: у многих тюркских народов встречаются имена типа Итбай («собака-господин») или Котлобай («раб-господин»), где уничижительная или пугающая приставка служит оберегом.

Таким образом, фамилия Жубаев не связана с реальным ремеслом или местностью, а целиком происходит от личного имени-оберега. Носитель фамилии — потомок человека, которого в тюркской среде назвали Жубаем, и эта модель словообразования типична для казахских, башкирских, татарских и других тюркских фамилий, русифицированных при записи в метрики.