Фамилия Жубаев образована от мужского тюркского имени Жубай. Первая из них восходит к древнетюркскому глаголу «джу» («жу»), который в переводе на русский язык означает «заражать», «приставать» (о болезни). Вторая часть ведет свое начало от древнетюркского «бай» - «богатый, могущественный хозяин, повелитель, господин». Таким образом, буквально имя Жубай означает «зараженный болезнью господин». Имя Жубай является охранительным. У многих народов существовал обычай, по которому подобные имена присваивались детям с целью отвращения злых сил. В данном случае, надеясь иметь здорового мальчика, родители назвали его Жубаем. Таким образом, потомок человека, которого звали Жубай, со временем получил фамилию Жубаев.