Фамилия Жубатов образована от личного имени Жубат. В её основе — древнетюркское слово «жубат», которое имеет два основных значения: «пара, четное число» и «утешать, ласкать». Первое значение указывает на возможную семейную традицию: так могли назвать ребёнка, родившегося в семье по счёту чётным. Второе значение — «утешение» — говорит о том, что Жубатом могли назвать долгожданного ребёнка, ставшего для родителей настоящей радостью.

Существует и альтернативная версия, связанная с профессиональным прозвищем. В старину «жубатом» называли сорт материи. В этом случае именование Жубат мог получить купец, торговавший тканями, или портной. Такое прозвище закреплялось за человеком по роду его занятий и затем переходило в фамилию.

Словообразовательная модель фамилии типична для русской ономастики: к основе Жубат- добавлен патронимический суффикс -ов, означающий «принадлежащий, сын Жубата». Это говорит о том, что фамилия оформлялась уже в русской языковой среде, хотя корни её уходят в тюркские языки.

Известен документальный пример: Альжан Жубатов, родившийся в 1901 году в Гурьевском округе (территория современного Атырауской области Казахстана). Эта запись подтверждает, что фамилия бытовала в казахских степях среди тюркоязычного населения, где русская модель фамилии на -ов накладывалась на местные имена.