Фамилия Жубатканов, скорее всего, образована от имени Жубаткан, состоящего из двух частей: «жубат» и «кан». Первая из них, предположительно, берет начало от древнетюркского нарицательного «жубат», то есть «пара, четное число». Имя с компонентом «жубат» могли дать ребенку, который появился на свет в четное число. Кроме того, существительное «жубат» имеет значение «утешать, ласкать». Вторая часть имени Жубаткан восходит к нарицательному «кан», которое в переводе с древнетюркского означает «среда». Таким образом, именование Жубаткан можно трактовать как «родившийся в среду четного числа» или « утешитель, появившийся на свет в среду». Таким образом, потомок человека, которого звали Жубаткан, со временем получил фамилию Жубатканов. Тюркский корень -огло/-оглу/-оглы (в переводе «потомок, сын») типичен для турецких, гагаузских и прочих тюркских фамилий.