Фамилия Жубатканов образована от личного имени Жубаткан. Это составное тюркское имя, которое разбирается на две части: «жубат» и «кан». Первая основа, «жубат», восходит к древнетюркскому слову со значением «пара, четное число». Вторая часть, «кан», переводится с древнетюркского как «среда» — день недели. Скорее всего, имя Жубаткан давали ребенку, родившемуся в среду, и дополнительно уточняли, что это был четный день месяца. Впрочем, у слова «жубат» есть и другое значение — «утешать, ласкать». Поэтому имя можно трактовать и как «утешитель, появившийся на свет в среду».

Жубатканов — это типичная патронимическая фамилия: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть «потомок Жубаткана». Такая модель образования фамилий широко распространена у многих тюркских народов, особенно у казахов, татар и башкир. В отличие от турецких или гагаузских фамилий, где используется корень -оглу/-оглы («сын»), у Жубатканова мы видим русский по происхождению суффикс -ов, который в XIX–XX веках активно добавляли к тюркским именам при оформлении официальных документов в Российской империи.

Географически фамилия Жубатканов чаще всего встречается в Казахстане и среди казахской диаспоры. Встречается также вариант написания Жубаткан — без суффикса, что сохраняет исходную форму имени. Поскольку фамилия редкая и не попала в массовые дореволюционные переписи, точных сведений о сословной принадлежности первых носителей нет. Однако по модели образования можно предположить, что предки Жубаткановых были простыми скотоводами или земледельцами, а имя давали по народной традиции, привязанной к дню и числу рождения.