Фамилия Жубашева образована от мужского имени Жубаш, которое в тюркских языках (особенно в казахском и башкирском) складывается из двух частей: «жу» (или «жүз») — «сто» и «баш» — «голова». В переносном смысле это означало «вожак ста», то есть предводитель отряда из ста воинов или старшина сотни. Такие имена-титулы давали мальчикам в семьях, где хотели видеть сына будущим военачальником или уважаемым главой рода. Слово «баш» в ономастике кочевников встречается часто: Башлы, Башкорт, Карабаш — везде подчёркивается главенство, старшинство или физическая сила.

Суффикс «-ев» в окончании указывает на русскую адаптацию фамилии, типичную для народов, вошедших в состав Российской империи. В исконной тюркской среде фамилия звучала бы как Жубашов или Жубашулы, но при записи в метрики и переписи её привели к привычной славянской модели: основа + ев. Женская форма Жубашева, соответственно, появилась как естественное производное от мужской — так фиксировали жён и дочерей в документах XIX–XX веков.

Географически фамилия чаще всего встречается в Оренбургской области, Башкортостане и на западе Казахстана — в регионах, где исторически кочевали башкирские и казахские роды, а с XVIII века активно шла оседлость и запись в казачье сословие. Многие Жубашевы — потомки башкирских вотчинников или казахов Младшего жуза, которые получали фамилии при переходе на постоянное жительство или при службе в пограничных укреплениях.

Редкость фамилии (по разным подсчётам, в России её носят не более нескольких сотен человек) говорит о том, что род не был массово размножен через крепостную систему или переселения. Скорее всего, предки носителя фамилии были либо зажиточными скотоводами, сохранившими родовое имя, либо служилыми людьми, чья фамилия закрепилась единолично, без ветвления на множество однофамильцев. В отличие от фамилий на «-ов» от распространённых имён (например, Ахметов), Жубашева сохраняет прямую связь с конкретным титулом, а не с личным именем мусульманского святого или арабским заимствованием.