Фамилия Жубауов — одна из тех, что сразу выдают тюркское происхождение. Основа здесь — имя или прозвище Жубау. Суффикс -ов указывает на русскую модель образования фамилий, характерную для многих народов бывшей Российской империи: так фиксировали принадлежность к роду, буквально «сын Жубау» или «из семьи Жубау».

Корень «жубау» почти наверняка восходит к казахскому или близкому тюркскому языку. Самое прямое значение — «жгучий», «обжигающий», от глагола «жұбу» (жечь, палить). В переносном смысле так могли назвать человека с горячим нравом, вспыльчивого, либо того, кто работал с огнём — кузнеца, плавильщика. В казахской ономастике встречаются имена с этим корнем, например, Жұбай, Жұбан, где «жұбу» также может означать «утешение» (от «жұбату» — утешать). Здесь возможна путаница: фонетически «Жубау» могло быть и формой имени Жұбай (утешитель), но суффикс -у в тюркских именах чаще передаёт действие или состояние, а не лицо. Поэтому версия с «жгучим» или «обжигающим» выглядит правдоподобнее: такое прозвище давали по характеру или ремеслу.

Географически фамилия Жубауов редкая. Она встречается преимущественно в Казахстане и среди казахов, живущих в приграничных регионах России (Оренбургская, Астраханская области). В русских переписях XIX века её почти нет — это говорит о том, что фамилия оформилась поздно, уже в советское время, когда у казахов массово закрепляли фамилии по отцу. Раньше носитель мог зваться просто Жубау, а его дети — Жубауовыми.

Словообразовательная модель проста: тюркское личное имя/прозвище + русский патронимический суффикс -ов. Ударение, скорее всего, падает на последний слог — Жубау́ов, хотя в бытовой речи встречается и вариант с ударением на «а». Фамилия не имеет дворянской или сословной окраски: её носители — выходцы из степных родов, скотоводы или ремесленники. В отличие от фамилий на -ин или -ский, здесь нет привязки к географическому названию или церковному имени, что подчёркивает её чисто бытовое, прозвищное происхождение.