Фамилия Жугунусова — редкий пример тюркского наследия в русском именослове. Её основа, вероятнее всего, восходит к мужскому личному имени Жугунус, которое состоит из двух частей: «жугу» (возможно, от тюркского «жүк» — груз, ноша или «жүгу» — прилипать, заражать) и «нус» (от арабского «нус» — половина, или «нуср» — помощь, победа). В тюркских языках, особенно в казахском и ногайском, такие составные имена не редкость: первая часть могла быть прозвищем или уточняющим определением, вторая — нести религиозный или пожелательный смысл. Таким образом, имя Жугунус могло означать «половина ноши», «помощник в пути» или иметь иное переносное значение, которое сегодня восстановить сложно.

Суффикс -ов- в фамилии Жугунусова указывает на модель образования, типичную для русской ономастики: от имени отца (Жугунус) образовали фамилию сына или дочери. Окончание -а — женский вариант, то есть носительница фамилии — женщина. Мужской вариант — Жугунусов. Эта модель пришла в тюркские регионы вместе с русским административным учётом в XIX — начале XX века, когда местное население получало фамилии по отцу.

Географически фамилия почти наверняка связана с Северным Кавказом или Нижним Поволжьем, где веками жили ногайцы, кумыки и другие тюркские народы. Встречается она и у казахов, но реже. В документах XIX века подобные фамилии часто фиксировали у кочевников и полукочевников, которые занимались скотоводством, перевозкой грузов или торговлей. Возможно, предок носительницы фамилии был погонщиком верблюдов или возчиком — отсюда и «ноша» в основе имени.

Спорных версий у фамилии немного. Некоторые исследователи допускают, что «жугу» может быть искажённым «жугъу» (карачаево-балкарское «жугъу» — пара, чета), тогда имя Жугунус означало бы «половина пары» — метафора близкого друга или родственника. Но эта гипотеза менее убедительна, так как в известных антропонимических словарях по тюркским именам такое толкование не подтверждается.

Фамилия Жугунусова не частая, не попала в списки дворянских или купеческих родов. Её носители — это потомки простых людей, чьи имена сохранили отголоски быта и верований степных народов.