Фамилия Жугунисов — редкая и с неочевидным корнем. В русских фамилиях на -ов/-ев основа почти всегда восходит к имени, прозвищу или профессии. Здесь основа «Жугунис» — и это ключ к разгадке.

Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища Жугунис, которое, в свою очередь, происходит от глагола «жугунить» — в некоторых южнорусских и украинских говорах это слово означало «жалить», «колоть», «кусать» (например, о насекомом) или, в переносном смысле, «язвить», «дразнить». Прозвище Жугунис мог получить человек с острым языком, любитель поддеть словом, либо тот, кто работал с чем-то колючим (например, обрабатывал репейник или терновник). Суффикс -ис в основе — нетипичный для славянских прозвищ; он мог возникнуть под влиянием греческих или румынских антропонимов (сравните: Маврис, Калистратис), что указывает на возможное бытование фамилии в зоне контакта славян с грекоязычным или романоязычным населением — например, на юге России, в Причерноморье или на Кубани.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование: фамилия могла возникнуть от тюркского имени или прозвища. В ряде тюркских языков есть корень «жук» (жуг) — «жёсткий», «твёрдый», или «жугу» — «сила», «мощь». Тогда Жугунис — это форма с русским суффиксом -ов, адаптированная к местному произношению. Однако тюркская основа обычно даёт фамилии вроде Жугунов, Жугутаев, а форма на -ис здесь выглядит инородно.

Географически фамилия Жугунисов встречается точечно, в основном на юге России и в Поволжье. Это говорит о том, что она не разошлась широко, а осталась локальной, возможно, в одном или нескольких сёлах. Сословно носители могли быть как крестьянами, так и казаками — в казачьей среде прозвища с яркой эмоциональной окраской давали часто.

Таким образом, Жугунисов — это фамилия-прозвище, отражающая характер или манеру поведения предка: вероятно, он был «колючим» на язык или внешне. Редкий суффикс -ис намекает на южное, возможно, причерноморское происхождение.