Фамилия Жунубекова — яркий пример тюркского антропонимического наследия, прочно вошедшего в русский именослов. Её основа — мужское имя Жунусбек, которое, в свою очередь, состоит из двух частей. Первая, «Жунус», — это тюркская огласовка арабского имени Юнус (библейский Иона). Вторая часть, «бек», — древний тюркский титул, означающий «господин», «князь», «владыка». Таким образом, имя Жунусбек буквально переводится как «господин Юнус» или «князь, подобный Юнусу», что указывает на высокий социальный статус или благочестие первого носителя.

Модель образования фамилии проста и типична для регионов, где русская фамильная система накладывалась на тюркские имена. К основе «Жунусбек» добавили русский патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — «сын Жунусбека»). Женская форма Жунубекова — естественное грамматическое изменение по роду. Интересно, что в исходном имени произошла фонетическая редукция: «Жунусбек» упростилось до «Жунубек» (выпадение «с»), что характерно для устной речи и последующей фиксации в документах.

Эта фамилия почти не встречается за пределами Казахстана и прилегающих регионов России (Оренбургская, Астраханская области). Она не имеет отношения к русским дворянским родам и не связана с каким-либо ремеслом или прозвищем. Перед нами — классическая «фамилия второго поколения», когда внук человека по имени Жунусбек получил наследственное именование по деду. В среде казахских старшин и баев (богатых скотоводов) такие имена с титулом «бек» были распространены, поэтому предки носительницы фамилии, скорее всего, принадлежали к зажиточным или уважаемым семьям, а не к рядовым общинникам. В советское время фамилия закрепилась как обычная, без сословных коннотаций.