Фамилия Жунускан встречается редко, и её происхождение напрямую связано с тюркскими языками, скорее всего, с казахским или киргизским. В основе лежит сложное имя или прозвище, которое можно разделить на две части: «Жунус» и «кан». Первая часть — Жунус — это местная форма имени Юнус (библейский Иона в исламской традиции). Вторая часть «-кан» в тюркских языках означает «кровь», но в составе личных имён и титулов она часто выступает как усилительный компонент, придающий величие или указывающий на благородное происхождение. Таким образом, буквально Жунускан можно перевести как «кровь Юнуса» или «истинный Юнус», но гораздо вероятнее, что это составное имя со значением «хан Юнус» или «Юнус-правитель», где «кан» — фонетический вариант слова «хан».

Особенность этой фамилии в том, что она не имеет характерного русского суффикса (-ов, -ин, -ский), который обычно добавлялся при русификации. Это говорит о том, что фамилия закрепилась в том виде, в каком бытовала у тюркских народов, и не прошла через канцелярии Российской империи. Носители фамилии Жунускан — это, скорее всего, потомки людей, которых звали Жунусканом как личным именем. В казахской среде до XX века у многих не было фамилий в современном понимании, и отчество или родовое прозвище просто передавалось детям, став со временем наследственным.

Модель образования здесь архаичная: личное имя, состоящее из двух корней, превратилось в фамилию без дополнительных формантов. Похожие фамилии — Жунусов, Жунусбаев, Жунусханов — встречаются гораздо чаще, и все они восходят к тому же имени Жунус. Редкость формы «Жунускан» может указывать на конкретный род или ответвление, где имя предка закрепилось именно в таком варианте, возможно, в южных регионах Казахстана или в приграничных районах Кыргызстана.

Если искать социальный контекст, то обладатель имени Жунускан в прошлом не обязательно был ханом или правителем. В тюркской ономастике компонент «хан» часто добавляли к именам мальчиков как пожелание силы, власти или просто для благозвучия. Так что предки современных Жунусканов могли быть скотоводами, воинами или торговцами, а не аристократами. Фамилия сохранила память о мусульманском имени пророка и о тюркской традиции составных имён — и это её главная историческая ценность.