Фамилия Жуняев — редкий случай, когда прозвище или имя, лёгшее в основу, не имеет очевидной славянской этимологии. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от имени или прозвища, которое восходит к тюркским языкам. Основа «Жуняй» (или «Жуней») могла быть производной от тюркского слова «жун» (шерсть, руно) или от личного имени, связанного с обозначением «душа» или «жизнь» (сравните с казахским «жан»). В пользу тюркского происхождения говорит и характерный суффикс -ев, который в русских фамилиях часто присоединялся к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или йот.

По словообразовательной модели фамилия Жуняев — типичный патроним (отчество, застывшее в фамилии), отвечающий на вопрос «чей?». Суффикс -ев указывает на принадлежность: сын Жуняя. В русской ономастике по такому же принципу возникли фамилии от нецерковных имён и прозвищ тюркского, монгольского или финно-угорского происхождения. Поскольку фамилия редкая и не встречается в списках массовых дворянских родов, её носители, скорее всего, происходили из крестьянской или казачьей среды, где подобные прозвища сохранялись дольше.

Есть и менее вероятная версия, связывающая фамилию с диалектным русским словом «жуня» — так в некоторых говорах называли ворчуна или брюзгу. Но эта гипотеза слабее: в русских говорах это слово почти не фиксируется, а фамилия явно тяготеет к восточным регионам — Поволжью, Уралу или югу Сибири, где сильны тюркские заимствования в антропонимике. Если предки Жуняевых действительно жили в этих краях, их прозвище могло быть связано с родом занятий (например, скотоводством) или внешностью.

Встречается также вариант написания Жуняев с ударением на второй слог, что характерно для фамилий, где основа потеряла первоначальное ударение при русификации. Сейчас эта фамилия — редкость, её носители разбросаны по России, и каждый случай может иметь свою локальную историю, отличную от общего тюркского корня.