Фамилия Жуняева образована от прозвища или имени Жуняй. По одной из версий, в основе лежит диалектный глагол «жунять» — ворчать, брюзжать, надоедать нравоучениями. В псковских и тверских говорах это слово означало «говорить невнятно, бормотать». Если так, то Жуняем могли прозвать ворчливого, вечно недовольного человека или того, кто говорил тихо и неразборчиво.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с именем Жуня как производной формой от канонического имени Евгений или Иван. В русской народной традиции имя Евгений сокращали до Жени, а оттуда могли возникнуть варианты вроде Жуня. Однако такая цепочка менее типична: обычно уменьшительные имена на -ун (Жуня, Жуняй) чаще связывают с прозвищами, а не с крестильными именами.

Модель образования фамилии — типичная для русского Севера и Поволжья: суффикс -ев присоединился к основе Жуняй, указывая на принадлежность («чей?» — сын или потомок Жуняя). Поскольку суффикс -ев, а не -ин, это говорит о том, что основа оканчивалась на согласный или й. Сравните с фамилиями Гуляев, Бурляев — они образованы по той же модели от прозвищ с суффиксом -яй.

Фамилия редкая. Согласно данным переписей, основная масса носителей Жуняевых сосредоточена в Удмуртии и Кировской области. Это косвенно подтверждает связь с севернорусскими говорами, где слово «жунять» было в ходу. Встречается также вариант написания Жуняев (с одним «я»), но исторически форма Жуняева закрепилась как женская, а мужская — Жуняев.

О сословной принадлежности предков сказать сложно из-за редкости фамилии. Скорее всего, это были государственные или дворцовые крестьяне, поскольку в центральных губерниях фамилия не фиксируется. Никаких дворянских родов Жуняевых в гербовниках нет.