Фамилия Жусупкалиев — типичный пример сложносоставной мусульманской фамилии, где слились два арабских имени, прошедших через казахскую фонетику. Основа здесь — имя Жусупкали, которое, в свою очередь, сложено из двух компонентов: «Жусуп» (арабский Юсуф, библейский Иосиф) и «Кали» (от арабского «Халид» — вечный, или «Калим» — собеседник, но чаще всего в казахском именослове «Кали» восходит к имени Халидулла — «вечный раб Божий»). Таким образом, имя Жусупкали буквально значит «Юсуф, посвящённый Богу» или «вечный Юсуф».

Фамилия образована по классической русской модели с суффиксом -ев, который присоединили к основе, оканчивающейся на гласный. В казахской и тюркской среде это самый распространённый способ русификации отчества: Жусупкали → сын Жусупкали → Жусупкалиев. Суффикс -ин здесь был бы невозможен, так как основа не на -а/-я, а -ев — стандартный маркер для фамилий, возникших в XIX–XX веках при записи кочевого населения в метрики.

Географически фамилия почти целиком привязана к Западному Казахстану, особенно к Атырауской и Мангистауской областям, а также к соседним регионам России — Астраханской и Оренбургской областям, где исторически жили казахские роды. Встречаются варианты написания с одной «с» — Жусипкалиев, но это уже результат расхождения в передаче звука «с» через арабскую букву «син» в разных диалектах.

Сословно предки носителя фамилии — почти наверняка скотоводы-кочевники из числа казахов Младшего жуза. Имя Жусупкали давали в семьях, где хотели подчеркнуть религиозность: Юсуф в исламе — пророк, образец терпения и красоты, а прибавка «кали» указывала на посвящённость Всевышнему. Двойные имена такого типа были особенно популярны среди казахов в конце XIX века, когда под влиянием исламского духовенства стремились соединить коранические имена с местной традицией.

Редкость фамилии в том, что она сохранила полную форму составного имени без усечения. Многие аналогичные фамилии (например, Калиев или Жусупов) со временем «отпадали» от второй части, а здесь обе основы остались целыми. Это говорит о том, что первый носитель — человек с именем Жусупкали — был заметной фигурой в своём ауле: его полное имя закрепили в документах, а не сократили до одного корня.