Фамилия Жусупов происходит от мужского имени Жусуп — арабского варианта библейского Иосифа. В переводе с древнееврейского это имя означает «божья награда» или «приумножение». Тюркские народы, исповедующие ислам, адаптировали имя Юсуф (Йусуф) в форму Жусуп, что характерно для казахского и киргизского языков, где звук «й» переходит в «ж».

Словообразовательная модель проста: к основе Жусуп добавили русский патронимический суффикс -ов, который закрепился в документах Российской империи при записи фамилий нерусских народов. Суффикс указывает на принадлежность: «Жусупов» буквально значит «сын Жусупа». В казахской среде аналогичная фамилия могла бы выглядеть как Жусіпұлы, но под влиянием русской административной системы утвердилась форма с -ов.

Фамилия распространена преимущественно в Казахстане, Киргизии, а также среди казахов, живущих в Узбекистане и России. Встречаются варианты написания: Юсупов, Жусупов, Джусупов — они отражают фонетические особенности разных тюркских языков. В частности, киргизский вариант сохраняет начальный «ж», тогда как у татар и башкир чаще пишут «Юсупов».

Имя Жусуп, лежащее в основе, — одно из самых почитаемых в исламе, поскольку пророк Юсуф (Иосиф) упоминается в Коране как образец терпения и красоты. Поэтому фамилия Жусупов не несёт сословной или профессиональной окраски: её давали детям просто в честь уважаемого имени, без привязки к роду занятий предка.