Фамилия Жусупбаев образована по модели, типичной для русской и советской паспортной традиции: к тюркскому имени Жусупбай добавили русский суффикс принадлежности -ев. Получилось «сын (или потомок) Жусупбая». В основе лежит составное мужское имя, распространённое у казахов и других тюркских народов.

Первая часть имени — Жусуп. Это казахская огласовка имени Юсуф (в арабской традиции — Юсуп). Имя восходит к древнееврейскому корню со значением «получивший прибавку, дополнительные блага от Аллаха», «дополнительно возвышенный Аллахом». В мусульманской культуре это имя устойчиво связывают также с понятием красоты: «обладатель красоты, красавец». Вторая часть — бай, от древнетюркского слова «богатый, могущественный хозяин, господин, повелитель». В казахской антропонимии компонент -бай был одним из самых частых: он не только указывал на достаток, но и служил пожеланием благополучия ребёнку и роду.

Таким образом, имя Жусупбай в буквальном смысле означало «богатый (или господин) Юсуп» — скорее пожелательное, чем описательное имя. Человек с таким именем мог быть выходцем из любой среды: «бай» в имени не гарантировал реального богатства, а был формулой доброго пожелания. Фамилию Жусупбаев, как и многие казахские фамилии на -ев, закрепили в документах в XIX–XX веках, когда начался массовый учёт населения.

С точки зрения словообразования фамилия несёт в себе двойную информацию: о личном имени основателя рода (Жусуп) и о его социально-желательном статусе (бай). Суффикс -ев указывает на патронимическую модель, пришедшую в казахскую среду через русское делопроизводство. В самой казахской традиции такая фамилия звучала бы как Жусупбайұлы (сын Жусупбая).