Фамилия Жужкин — один из тех случаев, когда прозвище дано не по роду занятий, а по поведению или манере речи. В основе лежит глагол «жужжать»: так в русских говорах могли называть не только насекомое, но и человека — ворчливого, надоедливого, постоянно «жужжащего» одно и то же. В некоторых диалектах слово «жужка» означало «насекомое» или «жук», поэтому прозвище могло достаться суетливому, непоседливому человеку.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Жужкин — «сын Жужки». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ или личных имён, оканчивающихся на -а/-я. В документах XV–XVII веков встречаются прозвища Жук, Жучок, Жужжа — все они из того же семантического гнезда. Фамилия Жужкин могла закрепиться в крестьянской среде центральных и северных губерний, где прозвища давали по характерным чертам.

Есть и менее очевидная версия: в южнорусских говорах «жужка» — это разновидность жёрнова или мельничного камня. Тогда прозвище могло получить мельник или человек, связанный с помолом. Но эта гипотеза уступает первой — в письменных источниках фамилия чаще фиксируется в контексте «жужжащего» человека, а не ремесла.

Фамилия редкая, в реестрах XIX века встречается эпизодически. Её не стоит путать с более распространённой Жуков — там основа «жук» как тотемное прозвище или имя. Жужкин же звучит как уменьшительная, почти ласкательная форма: не просто Жук, а маленький жучок, который всё время «жужжит». В современной России фамилия сохраняется в единичных семьях, преимущественно в Поволжье и на Урале.