Фамилия Жужгин — одна из тех, что построены по самой ходовой русской модели: прозвище плюс суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — «Жужгин», то есть сын, потомок Жужги). В основе лежит прозвище Жужга. В русских народных говорах жужгой называли овода или любое другое кусачее насекомое. Сравнение с оводом — не комплимент: так могли прозвать человека язвительного, колкого, с острым языком, который «жалит» словом. Но есть и другая линия: тот же овод не просто кусает, а ещё и неотвязно вьётся вокруг, мешает работать. Поэтому прозвище Жужга мог получить и докучливый, надоедливый человек, от которого никуда не деться.

Вероятен и третий ход — от глагола «жужжать» в переносном смысле «без умолку говорить, шушукаться, шептаться». Если вспомнить, что «жужжать» говорят и про низкий, гудящий голос, то прозвище могло закрепиться за болтуном или за человеком с характерной гулкой речью. Какая из версий правдоподобнее — сказать сложно, но все они сходятся в одном: прозвище Жужга давали по заметной черте поведения или голоса, а не по внешности.

Фамилия Жужгин — не единичная в своём роде. Тот же корень дал фамилии Жужгов, Жужев, а в украинском языке — Жужгало. Встречается она спорадически, без ярко выраженного гнезда в одном регионе, что типично для прозвищ, связанных с речью и характером. О точном времени возникновения говорить не приходится: такие фамилии складывались постепенно, в основном в XV–XVII веках, когда прозвища начали переходить в наследственные именования.